TUGAS TI UAS 2012

Ini adalah Tugas UAS tanggal 4 Januari 2012 matakuliah Teknologi Informasi. Dimana mencari sebuah tentang Aquaculture Bioinformatic yang berada pada portal UNDIP.

Untuk lebih jelasnya, jurnal bisa di download DISINI

Kemudian jurnal tersebut saya resum dan ini hasil resum :

Sebuah Repertoir microRNA untuk Genome Research Fungsional di Rainbow Trout MiRNAs adalah molekul peraturan penting yang mengontrol ekspresi gen pada tingkat posttranscriptional. MicroRNAs (miRNAs) tersiri dari endogen yang memiliki18-25 nukleotida lama dengan non-coding RNA molekul protein yang pertama kali  ditemukan pada Caenorhabditis elegans. MiRNAs mengikat urutan komplementer dalam target  mRNA, dan negatif mengatur ekspresi mRNA dengan  mencegah penerjemahan menjadi protein. Disini ada tiga macam mekanisme yang telah digambarkan untuk Mirna-dimediasi regulasi gen yaitu degradasi mRNA, represi translasi, dan miRNA mediated mRNA pembusukan. Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) ditandai miRNAs dalam penelitian ini memberikan alat baru untuk penelitian genom fungsional dalam salmonids. Materi dan metode yang digunakan antara lain :

1.      Ikan dan Koleksi Jaringan

2.      Mirna Perpustakaan Konstruksi dan Sekuensing

3.      Dalam silico Prediksi dari Rainbow Trout Mirna Transkriptome

4.      Sasaran Prediksi untuk Rainbow Trout miRNAs

5.      Identifikasi Target Mirna dengan SNP

6.      Kuantitatif Real-time PCR

Mayoritas dari miRNAs menunjukkan  ekspresi karakteristik pola spesifik jaringan menyarankan potensi peran dalam memelihara identitas jaringan. Spesifik jaringan miRNAs mungkin berfungsi sebagai penanda molekuler, prediksi fungsional tertentu dan implikasi diagnostik. Data pada polimorfisme genetik Mirna-target dalam interaksi ini sangat berguna untuk program pemuliaan ikan rainbow trout. Polimorfisme dalam Mirna-target yang memfasilitasi interaksi penemuan kandidat gen / miRNAs yang dapat diperkirakan untuk digunakan dalam memilih meningkatkan akuakultur sifat produksi dan air produk makanan. MiRNAs buatan dapat digunakan untuk menekan ekspresi gen untuk knockdown gen yang ditargetkan. 

 

 Oleh karena itu, miRNAs dapat digunakan untuk Penelitian fungsi gen melalui seri baru hypothesisdriven studi di rainbow trout untuk akuakultur dan biomedis penelitian.

Sumber :

http://www.springerlink.com/content/x05pm671632j1265/fulltext.html

Tugas T.I

 bio-informatic of Aquaculture

Disini ada satu jurnal yang berjudul Peran Bioinformatika dalam budidaya perikanan yang dapat anda download DISINI . .

Kemudian dari jurnal tersebut saya resum dan hasilnya seperti ini

Berbagai penelitian untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan dengan pendekatan molekuler (genetik) dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .

1.    Anatomi Genom

yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST dimana berperan pada bidang perikanan. Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning (bakteri e.coli) hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.

2.    Transkriptomika

yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa DNA dalam urutan yang teratur.
 
DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens DNA yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
 

3.    Proteomika

yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom.  Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

Tugas Teknologi Informasi Jurusan Perikanan dan Ilmu Kelautan \Program Studi Budidaya Perairan 2011

Hidup mahasiswa. . . . . ( hehehehe )

Disini ada satu jurnal tentang Penggunaan Penginderaan Jauh  dan Sistem Informasi Geografis Dalam Pengelolaan Perikanan Tangkap Skala Kecil Berkelanjutan yang bisa kalian download disini. . .

jurnal.pdf 

Selanjutnya ini adalah hasil resum dan analisis saya :

Potensi sumber daya ikan laut di perairan Indonesia begitu besar namun belum bisa dimanfaatkan secara optimal dan lestari  dikarenakan pengelolaan potensi sumber daya ikan yang kurang terpadu dimana para nelayan menggunakan mesin bertenaga kecil disertai dengan rendahnya pengetahuan nelayan akan lokasi penangkapan ikan.
 Akibatnya para nelayan menangkap ikan tidak jauh dari kampungnya sehingga pola eksploitasinya pun relatif tidak bewrubah. Oleh karena itu diperlukan peranan pengindraan jauh (inderaja) dan sistem informasi geografis (SIG) yang berkaitan dengan perikanan tangkap skala kecil secara berkelanjutan.

Dilihat dari sejumlah ekosistem pesisir, tiga ekosistem pantai tropis yang paling dikenal terkait dengan perikanan tangkap skala kecil meliputi hutan mangrove, padang lamun, dan terumbu karang. Ketiga ekosistem ini mempunyai peranan yang sangat besar kepada manusia baik langsung maupun tidak langsung. Dengan demikian, jika salah satu dari ekosistem tersebut tergangguakan menimbulkan dampak yang berarti terhadap ekosistem yang lainnya.

Penginderaan jauh digunakan untuk memantau permukaan lahan, laut dan bahkan atmosfer. Sistem informasi geografis adalah alat yang dengan sistem komputer yang digunakan untuk memetakan kondisi dan peristiwa yang terjadi di muka bumi dimana mengintegrasikan sistem operasi database dan analisis statistik. Kedua macam teknologi tersebut sangat bermanfaat dalam pengelolaan informasi keruangan mengenai kondisi permukaan (dan dekat permukaan) bumi. Kemampuan inderaja dan SIG digunakan untuk menyaji informasi secara cepat, akurat, memadukan informasi, dan memvisualisasikan skenario yang akan terjadi, maka penggunaan dalam mengembangkan perikanan tangkap skala kacil berkelanjutan sangat dibutukan.

Teknologi SIG dan penginderaan jauh dalam perikanan tangkap berskala kecil berkelanjutan masih terdapat kendala yaitu masalah banyaknya awan sehingga citra yang diperoleh menjadi tidak bagus. Pemanfaatan teknologi pun masih terhambat karena belum adanya kerjasama pihak yang terkait yaitu nelayan yang merasa keberatan untuk menyampaikan informasi kepada nelayan lain. Hal ini dbutuhkan kerjasama dengan pihak Departemen Kelautan dan Perikanan dalam memberikan informasi tentang pemetaan daerah tangkapan yangbdihasilkan dilengkapi dengan data yang lengkap dari lapangan.

Jadi peran pemerintah sangat diperlukan untuk usaha semacam ini.

Sekian dan terima kasih

Mohon maav apabila ada kekurangan dari saya.. ..

bioteknologi dalam dunia perikanan

Uhmmmm apa anda mengetahui apa itu bioteknologi dalam dunia perikanan???? ya kalau begitu saya ulas berikut ini...
Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan.Tujuan utama penerapan bioteknologi genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan tingkat pertumbuhan. Namun bisa juga digunakan untuk meningkatkan daya tahan terhadap penyakit dan lingkungan.

Beberapa contoh bioteknologi dalam budidaya perairan maupun dalam lingkup perikanan yaitu

1.     Budidaya Sejenis (monosex culture)

Produksi ikan secara monosek dilakukan dengan cara memanipulasi perkembangan gamet dan embrio. Pemanipulasian dilakukan dalam bentuk denaturalisasi DNA sel kelamin yang dilanjutkan dengan manipulasi bentuk kromosom atau sex reversal menggunakan hormon dan tindakan pembenihan.
Penggunaan hormon yang tepat dengan ketat dapat merubah sifat fenotip kelamin ikan. Contohnya, secara genetik ikan nila jantan akan berubah secara fisik menjadi betina dengan pemberian hormon estrogen. Ikan-ikan jantan ini dikawinkan dengan ikan jantan alami untuk menghasilkan semua anakan ikan nila jantan yang tumbuh lebih cepat dan dapat menghindari perkawinan yang tidak diinginkan yang biasa terjadi pada budidaya nila secara multi-sex.

2.        Hibridasi

Hibridasi merupakan bioteknologi genetik yang semakin mudah dilakukan dengan berkembangnya teknik pembenihan buatan seperti penggunaan kelenjar hipopisa atau hormon lainnya yang merangsang perkembangan gamet dan mendorong pemijahan (pengeluaran telur ikan). Hibridasi bisa digunakan juga untuk menghasilkan anakan satu jenis kelamin (Hibridasi pada ikan nila Nile dan Nila biru).

3.        Perkembangan Teknologi Transgenik

Rekayasa genetik merupakan sebuah istilah yang samar dan pengertiannya menjadi hampir mirip dengan transgenik (transfer gen) seperti ikan trangenik atau Modifikasi Organisme secara Genetik (GMOs). Teknologi ini sedang berkembang dengan cepat dan memungkinkan merubah gen-gen species yang memiliki keterikatan yang jauh; contohnya, sebuah gen yang menghasilkan protein anti-beku telah ditransfer dari ikan laut yang tahan dingin ke buah strawberry.

4.        Hipofisa

Hipofisasi adalah proses penyuntikan ekstrak kelenjar hipofisa kepada ikan untuk merangsang kematangan gonad. Praktikum ini mengajarkan cara mengambil kelenjar hipofisa pada ikan Mas, Ikan Lele dan Ikan Patin. Contohnya pada ikan Lele. Kepala Ikan Lele dipotong mulai dari mulutnya. Semua bagian mulut, insang dan aborensen organ dibuang hingga hanya menyisakan tulang tempurung kepalanya. Tulang yang melindungi rongga otak dikerok dari bagian dalam kepala hingga otaknya terlihat. Otak dikeluarkan dengan bantuan tusuk gigi. Prosedur terakhir adalah mengeluarkan kelenjar hipofisa dengan bantuan tusuk gigi. Kelenjar hipofisa memiliki bentuk bulat dan berwarna putih.

SUMBER :

www.supmnegeribone.blogspot.com

www.fisheriesworld.wordpress.com

artikel NCBI

Latar Belakang Sejarah

Penetrasi Teknologi Informasi (TI) dalam berbagai disiplin ilmu telah melipatgandakan perkembangan ilmu bersangkutan. Berbagai kajian baru bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI itu sendiri dan disiplin ilmu yang didukungnya. Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika. Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.

Kajian baru Bioinformatika ini tak lepas dari perkembangan biologi molekul modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom, yaitu cetak biru informasi genetik yang menentukan sifat setiap makhluk hidup yang disandi dalam bentuk pita molekul DNA (asam deoksiribonukleat). Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh TI melalui perangkat perangkat keras maupun lunak. Hal ini bisa dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan TI sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun), dibanding usaha konsorsium lembaga riset publik AS, Eropa, dan lain-lain, yang memakan waktu lebih dari 10 tahun.

Kelahiran Bioinformatika modern tak lepas dari perkembangan bioteknologi di era tahun 70-an, dimana seorang ilmuwan AS melakukan inovasi dalam mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah perusahaan bioteknologi pertama di dunia, yaitu Genentech di AS, yang kemudian memproduksi protein hormon insulin dalam bakteri, yang dibutuhkan penderita diabetes. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi.

Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan pada manipulasi DNA. Rantai/sekuen DNA yang mengkode protein disebut gen. Gen ditranskripsikan menjadi mRNA, kemudian mRNA ditranslasikan menjadi protein. Protein sebagai produk akhir bertugas menunjang seluruh proses kehidupan, antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh (disebut enzim), berperan serta dalam sistem pertahanan tubuh melawan virus, parasit dan lain-lain (disebut antibodi), menyusun struktur tubuh dari ujung kaki (otot terbentuk dari protein actin, myosin, dan sebagainya) sampai ujung rambut (rambut tersusun dari protein keratin), dan lain-lain. Arus informasi, DNA -> RNA -> Protein,inilah yang disebut sentral dogma dalam biologi molekul. Sekuen DNA satu organisme, yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen, berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Di Indonesia, ada Lembaga Biologi Molekul Eijkman yang terletak di Jakarta. Di sini kita bisa membaca sekuen sekitar 500 nukleotida hanya dengan membayar $15. Trend yang sama juga nampak pada database lain seperti database sekuen asam amino penyusun protein, database struktur 3D protein, dan sebagainya. Inovasi teknologi DNA chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix di Silicon Valley telah mendorong munculnya database baru mengenai RNA.

Desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun protein inilah yang semakin memacu perkembangan kajian Bioinfor

Contoh-contoh Penggunaan

1. Bioinformatika dalam Bidang Klinismatika.

2. Bioinformatika untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru

3. Bioinformatika untuk Penemuan Obat

Tujuan

Mengetahui apa itu NCBI dan bagaimana sistem penggunaan aplikasinya

Pengertian NCBI

NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler.

Salah satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang bioinformatika adalah bagaimana untuk menyimpan, dengan cara yang mudah diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk urutan genom keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, dan penentuan fungsi dan struktur. NCBI didirikan sebagai respon pemerintah terhadap kebutuhan untuk informasi lebih lanjut dan lebih baik metode pengolahan untuk menangani tantangan ini.

NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Mencari referensi penelitian melalui NBI

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.

PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) .

Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

Beberapa Aplikasi NCBI

Blastn

Blastn dapat digunakan untuk mengidentifikasi suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database nukleotida, sehingga output yang didapat berupa identitas nukleotida tersebut, antara lain nama gen dan spesies penghasil dari sekuen lengkapnya.

Cara kerja

1. Buka situs www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Pilih tool ”BLAST” (klik satu kali), akan muncul tampilan pilihan program BLAST.
Untuk mencari gen suatu sekuen nukleotida dari database nukleotida pilih ”nucleotide blast” (blastn).
3. Setelah tampilan muncul, entri sekuen nukleotida (query) yang akan dicari; pilih seting pencarian dari database ”others” (jika belum diketahui spesiesnya); pilih program ”megablast”; klik ”BLAST” untuk memulai proses searching

4. Hasil searching/ pencarian akan didapat tampilan seperti berikut

5. Hasil blast umumnya akan menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian. Pilih hasil dengan skor paling tinggi.

6. Klik “Accession” gen terpilih (hasil blastn) untuk keterangan lebih lanjut, (nucleotide origin dan CDS-nya).

7. Klik “G” pada gen terpilih tersebut, akan didapat deskripsi lebih lanjut mengenai gen tersebut.
Jika ingin melihat lokasi gen tersebut pada kromosom, klik “map viewer”.

Klik “Sequence viewer” untuk melihat gambaran letak CDS (coding sequence).

8. Klik “U” pada gen terpilih tersebut, akan didapat homologi protein dari gen terpilih. Pilih spesies yang dikehendaki, misalnya human, klik untuk keterangan lebih lanjut.

Blastp
Blastp dapat digunakan untuk mencari protein homolog dari protein yang kita miliki.

Cara kerja :

1. Buka situs www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Pilih tool ”BLAST” (klik satu kali). Untuk mencari protein homolog dari query asam amino gunakan ”protein blast” (blastp)

3. Setelah tampilan muncul, entri sekuen protein (query) yang akan dicari; pilih seting pencarian dari database (jika membatasi hanya ingin mencari pada spesies tertentu, ketik nama organisme); pilih program ”blastp”; klik ”BLAST” untuk memulai proses searching.

4. Hasil searching akan didapat tampilan seperti berikut:

5. Hasil blast akan menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian. Pilih hasil dengan skor paling tinggi. Dengan meng-klik referensi akan didapat keterangan lebih lanjut tentang protein.
6. Analisis selanjutnya mirip dengan blastn di atas (mencari letaknya, homologi, dsb).

Kesimpulan

Bioinformatika adalah teknologi pengumpulan, penyimpanan, analisis, interpretasi, penyebaran dan aplikasi dari data-data biologi molekul. Perangkat utama Bioinformatika adalah software dan didukung oleh kesediaan internet dan server World Wide Web (WWW).

Dengan Bioinformatika, data-data yang dihasilkan dari proyek genom dapat disimpan dengan teratur dalam waktu yang singkat dengan tingkat akurasi yang tinggi serta sekaligus dianalisa dengan program-program yang dibuat untuk tujuan tertentu. Sebaliknya Bioinformatika juga mempercepat penyelesaian proyek genom karena Bioinformatika memberikan program-program yang diperlukan untuk proses pembacaan genom ini.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler yang membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

blog pertama.. ...

uhmmm..... ini adalah blog pertamaqu....

ya aqu bkin jg bwt memenuhi tgas TI yg dsruh bkin blog,...hhehhe

ygag ppalah byar gag gaptek jg..wkwk

skian dlu aja y..