TUGAS TI UAS 2012

Ini adalah Tugas UAS tanggal 4 Januari 2012 matakuliah Teknologi Informasi. Dimana mencari sebuah tentang Aquaculture Bioinformatic yang berada pada portal UNDIP.

Untuk lebih jelasnya, jurnal bisa di download DISINI

Kemudian jurnal tersebut saya resum dan ini hasil resum :

Sebuah Repertoir microRNA untuk Genome Research Fungsional di Rainbow Trout MiRNAs adalah molekul peraturan penting yang mengontrol ekspresi gen pada tingkat posttranscriptional. MicroRNAs (miRNAs) tersiri dari endogen yang memiliki18-25 nukleotida lama dengan non-coding RNA molekul protein yang pertama kali  ditemukan pada Caenorhabditis elegans. MiRNAs mengikat urutan komplementer dalam target  mRNA, dan negatif mengatur ekspresi mRNA dengan  mencegah penerjemahan menjadi protein. Disini ada tiga macam mekanisme yang telah digambarkan untuk Mirna-dimediasi regulasi gen yaitu degradasi mRNA, represi translasi, dan miRNA mediated mRNA pembusukan. Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) ditandai miRNAs dalam penelitian ini memberikan alat baru untuk penelitian genom fungsional dalam salmonids. Materi dan metode yang digunakan antara lain :

1.      Ikan dan Koleksi Jaringan

2.      Mirna Perpustakaan Konstruksi dan Sekuensing

3.      Dalam silico Prediksi dari Rainbow Trout Mirna Transkriptome

4.      Sasaran Prediksi untuk Rainbow Trout miRNAs

5.      Identifikasi Target Mirna dengan SNP

6.      Kuantitatif Real-time PCR

Mayoritas dari miRNAs menunjukkan  ekspresi karakteristik pola spesifik jaringan menyarankan potensi peran dalam memelihara identitas jaringan. Spesifik jaringan miRNAs mungkin berfungsi sebagai penanda molekuler, prediksi fungsional tertentu dan implikasi diagnostik. Data pada polimorfisme genetik Mirna-target dalam interaksi ini sangat berguna untuk program pemuliaan ikan rainbow trout. Polimorfisme dalam Mirna-target yang memfasilitasi interaksi penemuan kandidat gen / miRNAs yang dapat diperkirakan untuk digunakan dalam memilih meningkatkan akuakultur sifat produksi dan air produk makanan. MiRNAs buatan dapat digunakan untuk menekan ekspresi gen untuk knockdown gen yang ditargetkan. 

 

 Oleh karena itu, miRNAs dapat digunakan untuk Penelitian fungsi gen melalui seri baru hypothesisdriven studi di rainbow trout untuk akuakultur dan biomedis penelitian.

Sumber :

http://www.springerlink.com/content/x05pm671632j1265/fulltext.html

Tugas T.I

 bio-informatic of Aquaculture

Disini ada satu jurnal yang berjudul Peran Bioinformatika dalam budidaya perikanan yang dapat anda download DISINI . .

Kemudian dari jurnal tersebut saya resum dan hasilnya seperti ini

Berbagai penelitian untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan dengan pendekatan molekuler (genetik) dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .

1.    Anatomi Genom

yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST dimana berperan pada bidang perikanan. Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning (bakteri e.coli) hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.

2.    Transkriptomika

yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa DNA dalam urutan yang teratur.
 
DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens DNA yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
 

3.    Proteomika

yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom.  Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.