bio-informatic of Aquaculture
Disini ada satu jurnal yang berjudul Peran Bioinformatika dalam budidaya perikanan yang dapat anda download DISINI . .
Kemudian dari jurnal tersebut saya resum dan hasilnya seperti ini
Berbagai penelitian untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan dengan pendekatan molekuler (genetik) dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .
1. Anatomi Genom
yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST dimana berperan pada bidang perikanan. Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning (bakteri e.coli) hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame.
2. Transkriptomika
yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa DNA dalam urutan yang teratur.
DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens DNA yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Microarray yang dibuat merupakan mikroaray elektronik berdasar dari software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens DNA yang telah diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208.
3. Proteomika
yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar